Northern Rail hat für seine Erfolge viele bedeutende britische Auszeichnungen erhalten, unter anderem:
Bei den „Cycle-Rail-Awards“ (Fahrrad-Bahn-Auszeichnung) im November wurde der CyclePoint in Leeds mit dem Innovationspreis ausgezeichnet. Zudem erhielt Northern Rail für eine Vielzahl von Initiativen den Partnership Working Award.
Im Oktober 2011 erhielt Northern Rail bei der Vergabe des nationalen Verkehrspreises („National Transport Awards“) in der Kategorie „Bahn“ zum zweiten Mal nach 2007 die Auszeichnung als Nahverkehrsbetrieb des Jahres. Northern Rail erhielt diese Auszeichnung für kontinuierliche Weiterentwicklung und Verbesserung der Servicequalität weit über die Vertragsbedingungen des festen Konzessionsvertrags hinaus, wie nachstehend dargelegt.
Im Mai 2011 wurde Northern Rail bei der Vergabe der Umwelt- und Energiepreise unter allen Industrieunternehmen und öffentlichen Dienstleistern als „Nachhaltigstes Unternehmen des Jahres“ ausgezeichnet. Mit dieser Auszeichnung wurden die Innovationen des Unternehmens auf seinem Weg zum führenden Bahnbetrieb im Bereich „Umweltverträglichkeit“ gewürdigt. Diese Leistungen bestehen unter anderem in der Einführung des branchenweit ersten Werkzeugs zur Berechnung der Klimabilanz über den gesamten Lebenszyklus. Hierbei werden nicht nur die Emissionen von Northern Rail beurteilt, sondern auch die seiner Zulieferer.
Im Jahr 2009 gewann Northern Rail die wichtigste britische Auszeichnung für Sicherheit, die Sir George Earle Trophy der Königlichen Gesellschaft für Unfallprävention („Royal Society for the Prevention of Accidents“), für herausragende Leistungen im Bereich Gesundheit und Arbeitsschutz. Northern Rail ist in der 53-jährigen Geschichte des begehrten Preises der erste damit ausgezeichnete Bahnbetrieb.